Золотой век пиратства кончился. Корабли Ост-Индской компании, во главе с лордом Беккетом, уничтожают пиратов. В этом им помогает Дейви Джоунз, капитан «Летучего голландца», сердце которого находиться у Беккета. Тем временем Элизабет Суон , Барбосса и Уил Тёрнер в Сингапуре пытаются получить корабль и карту, котрая может помочь найти Джека Воробья, у китайского пирата Сяо-Феня. Во время переговоров на них нападают английские военные. Во время битвы Уил Тёрнер заключает с Сяо-Фенем договор, смысл которого пока неизвестен зрителю. Они получают корабль и отправляются на край света, который представляет собой огромный водопад, куда геои и падают. Потом показывают Джека Воробья у которого в одиночестве происходит размножение личности — он воображает себя всей командой жемчужины. После этого видно, что он живет в огромной пустыне. Он находит камень, который бросает очень далеко. Камень превращается к краба, зовет своих сородичей, и они толкают «Чёрную жемчужину» к берегу, где сидят потерпевшие крушение Элизабет, Уил, Барбосса и другие. В тоже время Беккет спорят с Дейви Джоунзом. После этого Беккет приказывает убить отца Элизабет, бывшего губернатора Порт-Рояла. Джек Воробей и его друзья плывут по миру мертвых. Там они видят умершего губернатора. Потом они спасаются благодаря смекалке Джека. Дальше герои высаживаются на остров, где находят труп Кракена, которого Джоунзу приказал убить Беккет. На Жемчужину нападает Сяо-Фень, которому передаёт Джека Уил взамен на корабль, с помощью которого он сможет спасти своего отца с Летучего голландца. В свою очередь, Сяо-Фень передаёт Воробья Беккету и нарушает свою сделку с Тёрнером. Барбосса и Элизабет пытаются убедить Сяо-Феня помочь им сбежать и пойти на собрание пиратских лордов, одними из которых являются Сяо-Фень, Джек Воробей, и Барбосса. Впервые упоминается имя Каллипсо - богини моря, которая якобы заточена в человеческом обличье. Сяо-Фень соглашается с условием что Элизабет поплывёт на его корабле. Там, Сяо-Фень сознаётся что считает Элизабет самой Каллипсо, которую должен освободить совет пиратов, так как она единственная способная остановить Дейви Джоунза. Тем временем, Джек договаривается с Беккетом чтобы указать ему местоположение Бухты Кораблекрушений - место встречи пиратских лордов, а также заставить всех пиратов выйти из хорошо защищённой бухты, где их может перебить армада Беккета. На корабль Сяо-Феня нападает Голландец, и сам пиратский лорд погибает во время битвы. Умирая, он передаёт Элизабет свой символ власти и назначает её капитаном корабля. Оставшихся в живых захватывает экипаж Голландца под командованием адмирала Норингтона, который в шоке от встречи Элизабет, которая ему поведывает об убийстве её отца по приказу Беккета (Норингтон уважал бывшего губернатора). В камере заключения, Элизабет встречает Билла Тёрнера, отца Уила, который уже почти сросься с кораблём, но говорит ей что Уилу прийдётся выбирать между своим отцом и своей любовью, ведь убив Джоудза он будет обязан сам стать вечным капитаном Голландца. Норингтон помогает Элизабет и её новому экипажу сбежать на их корабль, но его убивает помешанный Билл Тёрнер. Тем временем, Уил оставляет сигналы Беккету постепенно сбрасывая тела убитых солдат в море. Джек его обнаруживает и сбрасывает самого, дав Уилу свой компас. Тиа Далма спорит с Барбоссой, за что он её заточает в камере, открыв что она и есть Каллипсо. Прибыв в Бухту Кораблекрушений, Джек и Барбосса идут на встречу совета пиратов. Там Барбосса предлагает освобождение Каллипсо из её заточения в человеческом теле, но ему противятся другие лорды. Затем прибывает Элизабет и занимает место Сяо-Феня. Все капитаны кладут свои символы власти (очки, клык зверя, камешек в форме кулака, игральная карта, и т. п.) на поднос, тем самым открывая совет пиратов. Узнав о скором прибытии армады Беккета, пираты спорят что им делать. Некоторые предлагают оставаться в осаде в бухте, которая является настоящей цитаделью. Элизабет предлагает драться, и её поддерживает Джек. Барбосса отвечает что объявление войны может быть только сделано Королём Пиратов, что и подтверждает Хранитель Кодекса Пиратов - отец Джека. Лорды начинают голосовать за Короля, но каждый голосует за себя… кроме Джека, который голосует за Элизабет, тем самым делая её Королём (титул не зависит от пола Короля). Элизабет объявляет войну Ост-Индийской Компании, и пиратские лорды её поддерживают. На корабле Беккета, Уил пьёт чай с Беккетом, когда заходит Джоунз. Уил утверждает что может найти Бухту Кораблекрушений с помощью компаса Джека, который узазывает на то что пользователь желает больше всего. Наутро, армада компании прибывает к бухте, где её встречает флот пиратов (гораздо меньших размеров). Беккет, Джоунз и Уил встречаются с Элизабет, Барбоссой, и Джеком на небольшой мели между флотами. Элизабет меняет Джека на Уила, на что все (кроме Джека) согласны. На предложение сдаться Элизабет отказывается. Жемчужина выплывает перед другими кораблями, а навстречу её идёт Голландец. Тут Барбосса выводит Тиу Далму из трюма корабля и совершает ритуал, освобождающий богиню, считая что она ему поможет. Но Каллипсо зла на всех, и Джоунза и пиратов, которые её заточили. Она создаёт огромный водоворот в никуда, где и происходит битва между Жемчужиной и Голландцем. Во время битвы, Джек сбегает с Голландца и забирает с собой сундук с сердцем Джоунза. Оба корябля берут друг друга на абордаж, и закипает битва между экипажами. Уил выбирает момент и предлагает Элизабет выйти за него замуж. Она соглашается и просит Барбоссу (как капитана корабля) поженить их. Хотя Барбосса и занят дракой с экипажем Джоунза, он женит их. Уил попадает на корабль Джоунза, где он дерётся с отцом, который его не узнаёт. Джоунз нападает на Уила и смертельно его ранит. Билл Тёрнет наконец вспоминает сына и прыгает на Джоунза, который поворачивается чтобы его убить. Но вдруг капитан Голландца застывает - Джек пронзил сердце Джоунза рукой Уила. Джоунз падает в водоворот, и за ним следует корабль; но перед этим Джек и Элизабет прыгают с корабля на импровизированном парашюте, а Билл Тёрнер вырезает сердце сына чтобы заменить мёртвое сердце Джоунза в сундуке. Жемчужина под командованием Джека прямым ходом идёт на флагман Беккета, который ощетинился сотней пушек. Тут из-под воды всплывает Голландец, целый и невредимый, а его экипаж выглядит по-человечески, ведь Уил теперь его новый капитан. Беккет этого не знает и считает победу близкой… пока Голландец не разворачивается для атаки на него. Оба корабля заходят с боков флагмана и начинают обстрел. Беккет в шоке и не может даже отдать приказ стрелять. Он просто стоит и смотрит как его флагман разрывается на куски. После уничтожения корабля Беккета, оба корабля идут на армаду компании, но те разворачиваются и уплывают. Все пираты ликуют, а Уил говорит отцу что тот свободен от рабства Джоунза. Отец говорит ему что он многое должен Уилу и просит остаться на Голландце. Экипаж Жемчужины готовят лодку для Элизабет, на которой она плывёт к острову для встречи с мужем. Перед тем как сядет солнце, Уил должен вернуться на свой корабль и не сможет выйти на твердую землю ещё десять лет. Он поручает Элизабет присматривать за его сердцем и уплывает делать то что Джоунз должен был делать - перевозить мёртвые души в другой мир.

Джек идёт по причалу со своими двуми подружками с Тортуги, обещая им прокатится на его корабле, вот только Чёрная жемчужина виднеется на горизонте. Джек берёт парусную лодку и уплывает. На Жемчужине, четверо членов экипажа подходят к капитану Барбоссе и просят узнать их новую цель. Барбосса им рассказывает о фонтане вечной юности, которого искал Понсе де Леон, но обнаруживает что середина карты кем-то вырезана. Он закатывает глаза, и проклинает Джека, который тем временем сидит в лодке и смотрит на карту, отплывая в своё новое путешествие.